"Styrelsen har beslutat att prata med Fifa omgående för att säkerställa att alla åtgärder är på plats för att skydda spelarna, när hälsosituationen fortsätter att försämras på ett oroväckande sätt", skriver ECA i ett uttalande.
Afrikanska mästerskapen spelas i Kamerun mellan 9 januari och 6 februari med 24 deltagande lag. Flera stjärnor är tänkta att delta, bland annat Liverpooltrion Mohamed Salah, Sadio Mané och Naby Keïta, Arsenals Pierre-Emerick Aubameyang och Chelseas Édouard Mendy.
Tidigare i år har Premier League-klubbar vägrat att släppa iväg spelare till länder som rödlistats av den brittiska regeringen. I oktober nåddes en överenskommelse som innebar att fullvaccinerade spelare får åka på landslagsuppdrag till rödlistade länder om de sitter i karantän i tio dagar efter återkomsten.
Flera nationer i södra Afrika, där omikron först upptäcktes, har nyligen lagts till på landets röda lista. Men västafrikanska Kamerun är inte rödlistat.
ECA representerar över 240 europeiska klubbar.