Bolt, världsrekordhållare på både 100 och 200 meter, fick på onsdagen nöja sig med en segertid på beskedliga 10,06, vilket var tre hundradelar bättre än loppets tvåa Yunier Perez från Kuba.
Den 19-faldige OS- och VM-guldmedaljören Bolt har ett årsbästa på 10,03 sekunder från sin avskedstävling i den jamaicanska huvudstaden Kingston i början av juni, men en dålig start omintetgjorde möjligheten att komma i mål på en tid under tio sekunder.
- Jag har haft lite hälsobekymmer vilket ligger bakom att tiden inte var den bästa, förklarade Bolt efter loppet.
Den 21-årige amerikanen Christian Coleman är bäst i världen i år på 9,82.
Mest uppmärksammad blev Wayde van Niekerk som slog till med ett världsrekord – om än på den sällan löpta distansen 300 meter. Den 24-årige sydafrikanen sprang i mål på 30,81 sekunder, fyra hundradelar bättre än Michael Johnsons gamla rekordtid från 2000.
I fjol krossade van Niekerk Johnsons rekordtid på 400 meter när han vann OS-finalen i Rio de Janeiro på 43,03 sekunder, 15 hundradelar bättre än Johnsons rekord från VM i Sevilla 1999.
- Det är en stor ära att två gånger ha slagit Johnsons rekord, sade van Niekerk.