Solnalaget AIK hade med sig 0–0 från den bosniska huvudstaden Sarajevo från förra veckans första möte mot Zeljeznicar i den andra kvalomgången av Europa League.
Första halvlek av torsdagens retur förblev också mållös. Men sedan avgjorde den allsvenska tabelltvåan AIK.
Vänsterbacken och lagkaptenen Nils-Eric Johansson gör inte ofta mål, men nu satte han bollen till 1–0 i 48:e minuten. Anfallaren Henok Goitom fastställde slutresultatet till 2–0 i 85:e.
I den tredje kvalomgången, det näst sista steget innan huvudturneringen, väntar portugisiska Braga redan i nästa vecka.
IFK Norrköping hade med sig 2–1 till bortamötet med Trakai från Litauens huvudstad Vilnius, men fick en mardrömsstart i torsdagskvällens returmatch.
Ryske anfallaren Maksim Maksimov gav Trakai ledningen i den elfte matchminuten och ökade på till 2–0 i 35:e.
Allsvenska trean Norrköping, favorit inför dubbelmötet, var då tvunget att göra mål för att inte slås ut. Den finländske landslagsanfallaren Simon Skrabb ordnade det när han som inhoppare reducerade till 2–1 i den 86:e minuten, vilket gav förlängning.
Men matchen fick avgöras på straffar sedan förlängningen förblivit mållös.
Trakai satte samtliga fem straffar i straffläggningen, inbytte mittfältaren Eric Smith blev Norrköpings syndabock som ende straffmissare.
Trakai är vidare till Europa League-kvalets tredje omgång med totalt 8–6.
Fakta: Vägen till Europa League
Tre svenska lag – IFK Norrköping, AIK och Östersund – kvalar i år till Europa League, Europas näst mest prestigefyllda klubblagsturnering efter Champions League.
Vägen till gruppspelet går via:
1:a kvalomgången: 29 juni och 6 juli (IFK Norrköping besegrade Pristina och AIK besegrade Klaksvik)
2:a kvalomgången: 13 och 20 juli (Östersund besegrade Galatasaray, AIK besegrade Zeljeznicar, IFK Norrköping slogs ut av Trakai)
3:e kvalomgången: 27 juli och 3 augusti (Östersund–Fola Esch, AIK–Braga)
Playoffomgången: 17 och 24 augusti
Gruppspelet lottas och inleds: 25 augusti och 14 september
Fakta: Svenska lag i Europa League
Europa League ha spelats sedan säsongen 2009–2010 när dåvarande Uefacupen – som IFK Göteborg vann två gånger (1982 och 1987) – ändrade namn och format. Fyra svenska lag har tagit sig till Europa Leagues gruppspelsfas.
Malmö FF: 2011–2012 (som regerande svensk mästare, utslaget ur Champions League-kvalets playoffomgång).
AIK: 2012–2013 (tvåa i allsvenskan, in i den andra kvalomgången).
Helsingborg: 2012–2013 (svensk mästare, utslaget ur CL-kvalets playoff).
Elfsborg: 2013–2014 (svensk mästare, in i Europa League-kvalets playoff).