– Vi kommer att be myndigheterna om en utredning, säger en talesperson för ombudsmannen och tillägger att två av offren sköts till döds.
Morales anhängare blockerade bränsleverket förra veckan, i protest mot vad de kallar en kupp från interimspresidenten Jeanine Áñez, vilket resulterat i omfattande bränslebrist i närliggande La Paz.
Bolivias armé säger i ett uttalande att "vandaler" attackerat och delvis demolerat bränsleverket med "kraftfulla sprängämnen".
Dödsfallen innebär att totalt 27 personer mist livet i oroligheterna som inleddes med det omstridda valet den 20 oktober, enligt siffror från människorättsorganet IACHR som är knutet till den panamerikanska samarbetsorganisationen OAS.
Från sin exil i Mexiko, där han beviljades exil efter att militären uppmanat honom att avgå, fördömde Evo Morales att interimsregeringen "i stil med militära diktaturer återigen dödar mina bröder och systrar i El Alto, som gör fredligt motstånd mot kuppen och kämpar för att försvara livet och demokratin".