Räderna genomfördes under natten till lördagen och riktades mot grupper som de indiska myndigheterna misstänker kan utgöra ett hot när Indien närmar sig val.
Runt 10000 man från Indiens paramilitära polisorganisationer har skickats till den indiskkontrollerade delen av Kashmir under den dryga vecka som gått sedan 40 personer dödades i en självmordsattack riktad mot indiska säkerhetsstyrkor.
Upptrappat våld
Några dagar senare dödades tre pakistanska extremister i skottväxling med indisk polis. Det upptrappade våldet har lett till ytterligare ett antal dödsfall i Kashmir.
- Efter attacken i Pulwama måste ni ha sett hur Pakistan hålls ansvarigt, ett steg i taget, säger Indiens premiärminister Narendra Modi vid ett tal i delstaten Rajasthan, där han säger sig ha gett militären "full frihet".
- Vi kommer inte att sitta tysta efter att ha lidit denna smärta. Vi vet hur man krossar terrorism.
Pakistan nekar
Den Pakistanbaserade islamistgruppen Jaish-e-Mohammed låg bakom självmordsattacken, och Indien beskyller även ärkefienden Pakistan för delaktighet i dådet. Pakistan nekar till all inblandning och meddelade på fredagen att landet kommer att svara med "full kraft" om det angrips.
Bland separatiserna som gripits av indiska myndigheter finns flera ledare för muslimska grupper, som anser att muslimska kashmirier bör ha rätt att välja om de ska vara del av Indien eller Pakistan eller förklara sig självständiga.
En indisk poliskälla uppger för Reuters att gripandena görs för att skydda valprocessen. Indien går till val i april och maj.
Fakta: Konflikten om Kashmir
Kashmir har varit delat mellan Indien och Pakistan sedan länderna blev självständiga från Storbritannien 1947.
Både Indien och Pakistan gör anspråk på hela territoriet.
Sedan 1989 har ett flertal separatistgrupper stridit mot indiska soldater i regionen. Många vill se ett enat Kashmir, antingen under pakistanskt styre eller som ett oberoende land.
Konflikten i Kashmir, som alltså pågått i decennier, har trappats upp under det senaste året. 2018 blev det blodigaste året på ett decennium i Kashmir. Enligt människorättsorganisationen JKCCS dödades 586 personer i området i fjol. Nästan hälften var stridande separatister, men även 160 civila, varav 31 barn, fick sätta livet till.
Politiker och experter bedömer att de drygt 500000 soldater som Indien har stationerat i området bidrar till att 2019 inte ser ut att bli ett fredligare år.