Påvens första möte efter att han kom till Burma var med den politiskt mycket inflytelserike militärchefen Min Aung Hlaing. Franciskus och generalen träffades i 15 minuter i den stora S:t Mary-katedralen i Rangoon.
- De diskuterade myndigheternas stora ansvar under denna övergångstid, säger Greg Burke, Vatikanens talesperson.
Enligt generalens Facebook-sida sade han till påven att "det finns ingen religiös diskriminering i Burma och det råder religionsfrihet".
"Varje soldats mål är att bygga ett stabilt och fredligt land", hävdar Min Aung Hlaing.
Tusentals mötte upp
Burmas militär anklagas för att bedriva etnisk rensning i och med sin hårdföra insats mot rohingyer i delstaten Rakhine, varifrån över 600000 flytt till Bangladesh sedan i slutet av augusti.
Tusentals människor ur Burmas katolska minoritet hade tagit sig till storstaden inför påvens besök och stod samlade längs vägen från flygplatsen för att få en skymt av honom. Franciskus, som färdades i en blå personbil, vinkade glatt genom den nervevade rutan.
- Vi har kommit hit för att se den helige fadern. Det händer en gång på hundra år, säger Win Min Set, en lokal ledare för en grupp på knappt 2000 katoliker från de södra och västra delarna av landet.
- Han är väldigt kunnig om politiska angelägenheter. Han kommer att hantera frågan skickligt, tillägger han, angående det känsliga ämne som svävar över besöket.
Känsligt ord
Vatikanen har uppgett att Franciskus kommer att använda resan för att uppmana till dialog och försoning.
Under sin veckolånga visit ska han bland andra också träffa Burmas ledare Aung San Suu Kyi. Han väntas också besöka rohingya-flyktingar i Bangladesh.
Påven lär noga ha tänkt igenom vilket tonläge han kommer att ha om konflikten i ett land där endast 700000 av de 51 miljoner invånarna är katoliker. Frågan är om han till exempel kommer att använda ordet rohingyer. Burma erkänner varken den muslimska minoritetsgruppen som medborgare eller som en egen etnisk grupp, och många burmeser ser dem som illegala invandrare.
Fakta: Minoritetsbefolkningen rohingya
Den muslimska folkgruppen rohingya har bott i delstaten Rakhine i västra Burma i generationer. Före 1962 erkändes rohingyafolket som en av landets etniska minoriteter, men i dag klassas folkgruppen inte som medborgare. Rohingyer bor även i Bangladesh, Pakistan och Malaysia.
Det har under årtionden rått konflikt mellan muslimer och den buddhistiska majoriteten i Burma. Sedan landets självständighet 1948 beräknas cirka 1,5 miljoner rohingyer ha tvingats lämna sina hem på grund av förföljelser.
Den senaste våldsvågen tog fart den 25 augusti, parallellt med att FN:s förre generalsekreterare Kofi Annan lade fram en rapport om situationen för rohingyer.
Källor: Svenska Burmakommittén, Arakan Rohingya National Organisation (Arno), al-Jazira, Civil Rights Defenders