Den drygt 200 kilo tunga blindgångaren hittades på tisdagen i anslutning till byggnadsarbete i närheten av en fotbollsplan.
Att sjukhuset St. Franziskus-Hospital låg inom säkerhetszonen väckte inledningsvis viss oro, men efter samråd med bombtekniker beslutades att evakuering inte var nödvändig.
Patienterna stannade på kliniken, men sjukhussängarna flyttades bort från byggnadens fönster.
En framgångsrik detonation genomfördes vid 16-tiden, uppger staden i ett pressmeddelande. Därmed får de evakuerade återvända.
"En evakuering av ett så stort område med så många invånare är en stor utmaning", säger Flensburgs lättade borgmästare Simone Lange.
Mer än 70 år efter andra världskrigets slut hittas odetonerade bomber regelbundet i Tyskland ‒ bara i marken runt huvudstaden Berlin beräknas omkring 3 000 blindgångare ligga begravna ‒ och evakueringar som den i Flensburg förekommer med jämna mellanrum.