Extremistgruppen Boko Haram kidnappar barnen för att sprida skräck och visa på sin makt, säger Unicef, som har dokumenterat över 1000 bekräftade fall men tillägger att det verkliga antalet kan vara mycket högre.
"De här upprepade attackerna mot barn i skolor är samvetslösa", säger Mohamed Malick Fall, Unicefrepresentant i Nigeria, i ett uttalande.
Boko Haram riktar in sig ofta på skolor med sekulariserade läroplaner. Namnet Boko Haram betyder ungefär "västerländsk utbildning är förbjuden" på språket hausa.
Minst 20000 människor har dödats i gruppens försök att skapa en strängt religiös islamisk stat i landets nordöstra delar, och mer än två miljoner människor har tvingats lämna sina hem.
Över 2000 lärare har dödats och över 1400 skolor har förstörts under skräckväldet som i regionen har gått in på tionde året.
En militär offensiv 2015 ledde till att delar av området som Boko Haram tagit kontroll över kunde återtas, men gruppen genomför fortfarande våldsamma attacker mot civila och mot militären.