13 civila har dödats, enligt Safiullah Amiri, som sitter i det styrande provinsrådet i Kunduz. En annan rådsmedlem säger att det rör sig om tolv.
Kvarlevorna har förts till staden Kunduz på ett lastbilsflak av upprörda civila.
Företrädare för Nato-uppdraget som stödjer de afghanska styrkorna med bland annat stridsflygplan säger att man utreder händelsen.
"Vi vidtar alla åtgärder för att förhindra civila dödsfall, till skillnad från talibanerna som avsiktligen gömmer sig bakom kvinnor och barn", säger talespersonen Debra Richardson i ett skriftligt uttalande.
Luftanfallen följer på en eldstrid mellan amerikanska och afghanska styrkor, som The New York Times rapporterat om. Denna ska ha provocerats fram av en taliban inom de afghanska leden. Fyra afghanska soldater dödades, uppger en källa inom den afghanska militären.
Strider har tagit ny fart i Kunduz i norr och i Helmandprovinsen i söder – två starka talibanfästen.
Rekordmånga civila personer dödades i Afghanistan förra året, då antalet luftanfall och självmordsattacker ökade.