Murkowskis främsta motkandidat var partikollegan, och Trumpstödda, Kelly Tshibaka, men också demokraten Pat Chesbro.
"Jag är hedrad över att Alaskabor – från alla regioner, bakgrunder och partitillhörigheter – återigen har gett mig förtroendet att fortsätta arbeta med dem och å deras vägnar i USA:s senat", säger Murkowski i ett uttalande.
Eftersom ingen av kandidaterna i Alaska fick egen majoritet, det vill säga mer än 50 procent av rösterna, användes ett rangordningssytem för att utse en vinnare. Så när Chesbros röster plockats bort och väljarnas andraval tagits med i beräkningarna får Murkowski 54 procent av rösterna.
Rangordning
Det är första gången som delstaten använder systemet med rangordning och det är också därför som det dröjde ett tag innan man kunde utse en vinnare efter valet som hölls den 8 november.
Tshibaka gratulerade Murkowski i ett uttalande som lades ut på hennes webbplats men hon skyllde samtidigt förlusten på det nya systemet.
"Det nya valsystemet har varit frustrerande för många invånare i Alaska, eftersom det otvivelaktigt var utformat som ett skyddsprogram för sittande makthavare, och det fungerade helt klart som det var tänkt", säger hon.
Men i det här fallet hade det nya valsystemet inte någon betydelse, eftersom Murkowski fick fler röster än Tshibaka även i första valomgången.
Trumpkritiker
Murkowski var den enda republikanen i senaten på valsedeln i årets mellanårsval som röstat för att döma Trump under riksrättsprocessen i fjol. Trump dömdes visserligen inte, men den tidigare presidenten svarade med att stödja hennes motkandidat.
Republikanen och den tidigare vicepresidentkandidaten Sarah Palin, som ställde upp i Alaskavalet till en plats i representanthuset, ser däremot inte ut att ha lyckats, rapporterar amerikanska medier.
Hon utmanade demokraten Mary Peltola, som i augusti blev historisk när hon som delstatens första representant från ursprungsbefolkningen ersatte den avlidne kongressledamoten Don Young (R).
Enligt NBC News fick inte heller Peltola mer än 50 procent av rösterna. Men Peltola ledde med över 20 procentenheter över Palin så när kandidaten på tredje plats, republikanen Nick Begich, försvann från startfältet gav det Peltola tillräckligt med röster för att vinna.