Männen anhölls på söndagen misstänkta för obehörigt tillträde till skyddsobjekt. De upptäcktes av en skyddsvakt, som avlossade varningsskott, och överlämnades till polisen.
Åklagaren har nu fram till på onsdag klockan 12 på sig att besluta om personerna ska häktas.
Utredningen har flyttats över till Säkerhetspolisen och ärendet handläggs av Riksenheten för säkerhetsmål eftersom intrånget kan ha utgjort en fara för rikets säkerhet.
- Om man har gjort ett intrång på ett skyddsobjekt i normalfallet så handläggs det på vanliga åklagarkammaren. I det här fallet har vi valt att lägga över det på vår kammare och det har väl kanske med själva skyddsobjektet som sådant att göra och om det har med rikets säkerhet att göra, säger kammaråklagare Hans-Jörgen Hanström på Riksenheten för säkerhetsmål.
En av anhållnas försvarare säger till Dagens Nyheter att de två misstänkta är utländska turister som har som hobby att resa runt till övergivna bunkrar av olika slag. De ska ha uppfattat det som att Musköbasen var avmilitariserad.
- De har sett detta på internet och blivit fascinerade av alla bilder och uppfattat det hela på ett helt annat sätt, säger advokat Katarina Rogeman till tidningen.