Anslutningsprotokollet skrevs under av Makedoniens utrikesminister Nikola Dimitrov och samtliga 29 medlemsländer på onsdagen. Det innebär det första steget till att göra landet till medlem i försvarsalliansen.
"Jag ser fram emot den dag då 30 flaggor fladdrar utanför Natos högkvarter", skriver generalsekreterare Jens Stoltenberg på Twitter.
Även EU:s utvidgningskommissionär Johannes Hahn gratulerar och skriver att undertecknandet är ett steg i riktning mot "fred och stabilitet" i västra Balkan, rapporterar nyhetsbyrån AFP.
Makedonien kunde ha påbörjat medlemsprocessen för tio år sedan, men har blockerats av Grekland på grund av en långvarig namnkonflikt. Men nu har länderna grävt ner stridsyxan och beslutat att Makedonien ska döpas om till Nordmakedonien. Därmed gick också Grekland med på att inte använda sitt veto mot ett Natomedlemskap för grannlandet.
Efter det att anslutningsprotokollet är undertecknat kommer Makedonien att gå vidare med att informera FN och andra berörda institutioner om sitt nya namn, enligt BBC.
Fakta: Dröm om EU och Nato
Ett av Makedoniens främsta utrikespolitiska mål är medlemskap i EU och försvarsalliansen Nato, något som EU- och Natomedlemmen Grekland har satt stopp för genom hot om veto. Det grekiska motståndet grundade sig i kritiken mot grannlandets namn.
Motsättningarna går tillbaka till tiden före första världskriget då det historiska Makedonien delades mellan främst Grekland och Serbien. Efter kriget uppgick den slaviska delen av Makedonien i den nya statsbildning som småningom kom att kallas Jugoslavien.
När Makedonien blev självständigt från Jugoslavien 1991 vägrade Grekland att erkänna den nya staten. Grekerna hänvisade till att namnet Makedonien tillhör det grekiska kulturarvet. Grekland protesterade även mot formuleringar i utkastet till en makedonisk författning som man ansåg kunde tolkas som territoriella anspråk på delar av norra Grekland.
Sedan dess har Grekland krävt att Makedonien byter namn innan medlemskap i EU och Nato kan bli aktuellt.
Källa: Landguiden