Närmare 40000 människor deltog i protesterna på många platser i landet i lördags, enligt inrikesdepartementet. Det är ungefär hälften så många som lördagen innan.
- Landet behöver harmoni, enighet, uppriktigt engagemang för starka gemensamma mål och vi måste hela splittringarna, säger presidenten under ett tal i Tchad där han besöker Frankrikes trupper.
I Paris var protesterna till största delen fredliga, men under kvällen attackerades polis av demonstranter som kastade gatsten mot dem på avenyn Champs-Élysées. Flera poliser tvingades fly på motorcyklar. En av pekade sitt vapen mot demonstranterna.
Polisen hade tidigare kastat distraktionsgranater mot en grupp demonstranter.
Macron säger till tv-kanalen BFMTV att de ansvariga för våldsamheterna kommer att få stränga straff.
Antalet deltagare i demonstrationerna har minskat stadigt sedan den första lördagen, då 282000 människor deltog i protester mot att priserna på fossila bränslen skulle höjas. Skulden för höga priser läggs på Macron, som har beslutat om skatter för att få bukt med luftföroreningarna.
Bränsleprisjusteringarna har lagts på is, men protesterna har utvecklats till att handla om hela Macrons politik.
Regeringen har lovat skattesänkningar och en höjning av minimilönen i hopp om att få ett stopp på protesterna.