Boubacar Keita utmanades av Soumaila Cissé, tidigare finansminister. Vid den första valomgången fick Cissé 18 procent av rösterna mot 42 procent för Keita – något som ledde till anklagelser om fusk från Cissé och andra oppositionspolitiker. Även efter den andra omgången på söndagen slog Cissés parti larm om fusk.
Oppositionen avfärdar resultaten och säger att man kommer att använda "alla demokratiska medel" för att bestrida det.
- Det här är deras resultat. De visar inte sanningen, säger Cisses kampanjchef Tieble Drame.
Valobservatörer från EU och Afrikanska unionen har dock inte upptäckt något storskaligt valfusk. Cecilie Kyenge, som leder EU:s valobservatörer, säger att man inte sett något fusk, men vissa oegentligheter. AU anser att röstningen genomförts under "acceptabla" former.
Valdeltagandet var lågt, bara 34,5 procent,
Båda presidentkandidaterna har lovat bättre ekonomi och kamp mot islamistisk extremism. Militanta grupper i norr, främst al-Qaidas nordafrikanska gren (Aqim) och terrorrörelsen IS, anses återigen vinna mark. Bara i år har hundratals människor dödats, och den stora valfrågan har varit Kietas svar på det framväxande våldet, där oppositionskandidaterna anklagat honom för inkompetens eller likgiltighet.
TT-Reuters
Bakgrund: Mali och presidentvalet
Mali ligger i inre Västafrika. Till ytan är landet nästan tre gånger så stort som Sverige.
Landet var en relativt stabil demokrati från 1992 fram till en statskupp 2012. Efter kuppen har landet plågats av en konflikt med tuaregiska separatister och islamistiska terrorister.
I juni 2015 slöts ett fredsavtal mellan regeringen och rebellstyrkorna, men oroligheterna kvarstår. Våldet har också spillt över till grannländerna Burkina Faso och Niger.
Under de gångna månaderna har över 100 personer dödats, vilket sätter ljuset på hur skör säkerheten är. Den senaste blodiga attacken, ett jihadistattentat i nordöstra Mali, skedde bara veckor innan den första valomgången.
Våldet är en central fråga i valet. President Ibrahim Boubacar Keita beskylls av sina motståndare för att inte ha lyckats skapa säkerhet i landet. Ledaren har avfärdat de senaste månadernas många attacker som "rester av terrorism".
I presidentvalets första omgång fick Keita 41,7 procent av rösterna medan Cissé fick 17,8 procent. Valdeltagandet var 43 procent.
Källa: AFP, Reuters