Han har slitit i fem års tid men nu är avhandlingen klar och godkänd. I den behandlas olika sätt att analysera data lättare och smidigare kartläggning av anlag för antibiotikaresistens hos bakterier.
– Bakterier som finns i naturen har anlag i sina gener för att bli resistenta, men de kanske inte används utan ligger latent. De anlagen skulle kunna tas upp av sjukdomsframkallande bakterier och bli ett potentiellt problem i framtiden, säger han.
Den risken är grunden till Fredrik Boulunds forskning, samtidigt handlar en stor del av den faktiska tiden mycket om att analysera stora datamängder. Han är civilingenjör i grunden och har doktorerat i biovetenskap på institutionen för matematiska vetenskaper. Att det blev en avhandling om just resistenta bakterier var en slump, hans handledare introducerade honom på området.
Fredrik Boulund har utvecklat en datamodell för att kartlägga mönster i dna, med den kan man lättare hitta sekvenser som har resistensanlag, så kallade qnr-gener.
– En dna-sekvens för qnr-gener är ungefär 600 nukleotider långt, bakteriernas dna-molekyler är mycket längre än så, upp till flera miljoner nukloetider i vissa fall. De maskiner som finns kan kartlägga drygt 100, utmaningen är att hitta sekvensen trots att det bara är en begränsad del. Fördelen med maskinerna är att de genererar väldigt många av dessa.
Avhandlingen tar även upp forskning om luftvägsinfektioner. Antibiotikaresistens upptäcks genom att analysera proteiner i stället för att som vanligt odla fram bakterier. Fredrik Boulund har tagit fram en mjukvara, Tentacle, vars kartläggning kan ge individuell behandling av patienter i framtiden. Metoden förkortar tiden rejält för databehandlingen.
– Ett jobb på en halvdag med vår metod skulle ta två till tre månader att få fram annars, säger han.
Tentacle går också att använda för andra resistensanlag, som för metall eller hur plankton påverkas av miljöföroreningar i havet. Eftersom modellen klarar större datamängd går det att analysera dna lite bredare.
– Man kan vara lite mer öppen med vad man är på jakt efter, säger han.
När hjärnan kräver en paus från algoritmer och datamängder är gitarren Fredrik Boulunds andningshål. Han spelar på den på jobbet när det behövs men är också med i bandet Dödaren som just gjort färdigt sin tredje skiva. Han överväger att fortsätta sin akademiska bana utomlands med så kallade post doc-tjänster, det är tveksamt om gitarrspelandet tolereras där.
– Annars tar jag långa promenader med hunden. Han är inte så glad i replokalen men annars är han med på det mesta.
Aktuell: Doktor i biovetenskap med avhandlingen Computional methods for analysis of fragmented sequence data.
Bor: Uppvuxen i Boberg, bor i Göteborg sedan 2006
Ålder: 30
Familj: Fru Sara, mamma och pappa i Boberg, tre systrar på olika håll i världen och så förstås italienska vinthunden Grappa
